Los ovarios son dos órganos pequeños, uno a cada lado del útero de la mujer. Los ovarios de una mujer tienen folículos (sacos pequeños llenos de líquido) que sostienen a los óvulos. Estos sacos también se llaman quistes. Cada mes 20 óvulos empiezan a madurar pero generalmente solo uno domina. A medida que crece el óvulo uno de los folículos se abre y deja que el óvulo salga y baje por los tubos de Falopio para ser fertilizado. Empieza la ovulación cuando el óvulo sale del folículo.

En el caso de las mujeres que padecen del SOP, los ovarios no producen todas las hormonas requeridas para que el óvulo madure totalmente. Puede que empiecen a crecer y acumular líquido, pero ninguno de los óvulos crece lo suficiente y se quedan como quistes. Como el óvulo no crece ni sale del folículo la ovulación no empieza lo cual causa que la hormona progesterona no sea fabricada. Sin progesterona, el ciclo menstrual de una mujer puede ser irregular o incluso ausente. Los quistes también producen hormonas masculinas lo cual continúa a prevenir la ovulación.